Die Hauptbehandlung kann auf unterschiedliche Weisen durchgeführt werden.

Die 2 Methoden erläutert.

Die häufigste Methode ist die geschlossene Reinigung. Hierbei werden die Zähne betäubt und dann mit einem Instrument gereinigt. Die Betäubung verhindert, dass der Patient Schmerzen empfindet, da die Tasche bis zum Boden ausgekratzt werden muss (in der Vorbehandlung wird lediglich oberflächlich gereinigt).

Mit einem speziellen Instrument wird die Zahnfleischtasche vorsichtig im nicht sichtbaren Bereich gereinigt und der Zahn geglättet.

Es werden sämtliche Bakterien und der Zahnstein, der sich auf der Zahnoberfläche festgesetzt hat, entfernt. Zusätzlich sollten die Zahnfleischtaschen gespült werden. 

oder

Diese Behandlung wird nur noch bei sehr tiefen Taschen durchgeführt. Die Durchführung ist ähnlich wie die oben beschriebene Methode.

Es wird hierbei zusätzlich das Zahnfleisch mit einem Skalpell abgelöst, so dass die Wurzeloberflächen "frei" liegen.

So kann dann der Zahnarzt unter Sicht reinigen.

Am Ende der Behandlung wird das Zahnfleisch dann wieder festgenäht. 

Eine Woche später müssen die Fäden gezogen werden und die Nachbehandlung beginnt.